Der Anime basiert auf die Light Novels von Nasu Kinoko (TYPE-MOON). "Kara no Kyokai - the Garden of sinners" spielt in der gleichen Welt wie Tsukihime und weist auch an anderen Stellen Parallelen.

Geister, die den Tod der Menschen sammeln, schwirren über der Stadt. Als diese merwürdigen Ereignisse mit Shikis mystischen Augen zusammenstoßen, beginnt ihr verlorenes Gedächnis wieder zu kommen.

Unsere Hauptprotagonistin Ryougi Shiki fiel durch einen schweren Autounfall ins Koma. Zwei Jahre später erwacht sie und bemerkt, dass sie die Kraft hat, mit ihren Augen den Tod wahrzunehmen. Eine Kraft, die es ihr erlaubt mit nur einem Messer alles zu töten, was ihr in den Weg kommt

Die Familie Ryougi versuchte Menschen zu erschaffen, die den "Normalen" weit überlegen sind. Um das zu erreichen, haben sie ihre eigenen Kinder in verschiedenen Kampfkünsten trainiert und ihre Persöhnlichkeiten gespalten. In den Glauben das dadurch eine der beiden Häften spezielle Fähigkeiten bekommt, wurde auch Shiki so erzogen. Sie besitzt jeweils eine männliche und eine weibliche Seite, die je nach Situation sich wechselten. Nachdem Shiki aus dem Koma erwacht ist, glaubt sie, dass ihre männliche Seite in den Unfall starb.